Вірус Марбург отримав свою назву від однойменного німецького міста, де він вперше з'явився в 1967 році, коли він викликав три одночасні спалахи в Німеччині (міста Марбург і Франкфурт) і в колишній Югославії (Белград). В обох країнах вірус Марбурга, ймовірно, був введений при ввезенні угандійських зелених мавп ( Cercopithecus aethiops, також відомий як сіро-зелений Cercopiteco).
Перші випадки були зафіксовані серед співробітників лабораторії в тісному контакті з цими приматами. Вторинні випадки стосувалися медичного персоналу в лікарнях, підданих інфікованому біологічному матеріалу.
Згодом спорадичні епізоди або спалахи були зареєстровані в Південній Африці, Кенії, Демократичній Республіці Конго та Анголі, загалом близько 600 випадків і 480 смертей.
