На додаток до індивідуальних заходів захисту та контролю навколишнього середовища-носія, японський енцефаліт можна запобігти вакцинацією.
Вакцина Ixiaro, яка вже була схвалена FDA (Управління з питань харчових продуктів і лікарських засобів) в США та санкціонована EMEA (Європейським агентством з лікарських засобів), вводиться внутрішньом'язово в дельтоподібній області (верхня частина руки), у 2 дози, друга який інокулюється через 4 тижні після першого. Для хорошої активної імунізації курс вакцинації повинен бути завершений принаймні за тиждень до можливого контакту з вірусом японського енцефаліту.
Вакцина з японським енцефалітом рекомендується для мандрівників, які тривалий час перебувають на відкритому повітрі в ендемічних районах, під час сезону, в якому передача інфекції є найбільш імовірною; однак, це не показано для осіб у віці до 18 років, під час вагітності та під час годування груддю.
