Хоча сьогодні це може здатися очевидним, очевидно, що тисячоліття людина проігнорував той факт, що мікроскопічні організми викликали певні захворювання.
До 1600 року, так звана теорія спонтанного покоління вважалася дійсною, згідно з якою деякі організми можуть спонтанно генеруватися з неживої речовини. Класичним прикладом є личинки, які, як вважають, можуть бути створені з нічого в шматку розкладаючого м'яса.
Першим, що визнав цю теорію недійсним, був Франческо Реді, особистий лікар великого князя Тоскани. Реді поклав два шматки свіжого м'яса в дві окремі контейнери, залишивши перший відкритий і захищаючи другий від мух сітківкою. Через кілька днів він помітив, що тільки відкритий контейнер повзає з личинками. Отже, Redi показав, що личинки не утворюються з нічого, крім того, що випливають з яєць, закладених мухами.
Існування мікроорганізмів почало говорити лише у вісімнадцятому столітті, завдяки дослідженням модезе Лаззаро Спалланцані, який вперше придумав і ввів у медичну літературу термін "зародок". Однак відкриття бактерій приписується Антоні Левенгуку (1632-1723), текстильному торговцеві з пристрастю до мікроскопів.
Левенгук зауважив, що після чищення зубів "живі істоти" були присутні в родовищах зубного каменю. Це відкриття стало можливим завдяки оптимізації оптичного мікроскопа, який сам Левенгук побудував, і який згодом покращився.
Поява сучасного мікроскопа, однак, відкрило нові питання про теорію спонтанного покоління. З перших спостережень, насправді, здавалося, що просте опромінення повітрям органічної речовини призвело за короткий час до розвитку мікробів на її поверхні.
Французький біолог Луї Пастер втрутився, щоб заперечити гіпотезу спонтанного мікробного покоління. Пастер зварив деякий бульйон у скляній колбі з довгим горлом, обладнаний спеціальним S-подібним дзьобом, щоб запобігти потраплянню пилу (і бактерій у ньому). Пастер зауважив, що завдяки цим пристроям у бульйоні не утворюється ніяких бактерій і, отже, мікроби не генеруються спонтанно.
