В даний час вакцини або препарати для профілактики африканського трипаносомоза недоступні. Тому профілактичні заходи спрямовані на мінімізацію контакту з це-це мухами.
По-перше, слід уникати заражених ділянок. Муха цеце менш активна в найспекотніші години дня, але може напасти, якщо це дратує. Слід пам'ятати, що ця комаха приваблює рухомі об'єкти і яскраві або темні кольори; він також може жалити легким одягом. Тому рекомендується носити сорочки та брюки, які максимально покривають кінцівки; зокрема, краще використовувати одяг стійкого матеріалу і нейтральні кольори, які змішуються з навколишнім середовищем. Застосування репелентів на одязі також може бути корисним. Зграї це-цзе мух можуть слідувати за рухомими транспортними засобами, тому бажано закрити вікна автомобіля, щоб запобігти їх вторгненню в кабіну.
Боротьба з вектором комахи може здійснюватися на екологічному рівні з руйнуванням середовищ існування для розмноження, застосуванням інсектицидів і пасток (краще, якщо просочені перметрином) в місцях укриття для це-це мух (савана-скраб) і рослинність вздовж водотоків) і лікування паразитованих суб'єктів (джерела інфекції для носіїв).
