Точне походження вірусу Марбург поки невідомо. На даний момент вважається, що хвороба, за яку вона відповідає, може бути зоонозом, що підтримується одним або кількома вітчизняними тваринами африканського континенту. Проте, проведене на сьогоднішній день дослідження не дозволило визначити природний резервуар хвороби, хоча було проаналізовано багато хребетних і членистоногих.
За даними Всесвітньої організації охорони здоров'я, люди не є частиною природного циклу вірусу, тому зараження в основному буде відбуватися від випадкового контакту з іншим інфікованим приматом. Фактично, передача через деяких видів мавп була задокументована, ймовірно, діючи як "підсилюючі господарі" для вірусу Марбург. Крім того, деякі дані свідчать про те, що примати в свою чергу можуть бути інфіковані впливом кажанів .
