PH фекалій зазвичай є нейтральним або слабо лужним (6, 8 - 7, 5). Більш кислотні стільці, фізіологічні тільки у новонароджених, можуть вказувати на кишкові інфекції (Escherichia coli, Rotavirus) або розлади травлення, такі як лактозна або непереносимість жирів (стеаторея від панкреатичної недостатності або жовчного стазу).

На pH фекалій впливають дієтичні звички суб'єкта; наприклад, надмірно багаті дієти м'яса і молочних продуктів роблять стілець більш лужним. Фактично гнильна бактеріальна флора кишечника, фактично, знищує амінокислоти, які уникли абсорбції, генеруючи токсичні і неприємні аміни; отже, рН фекалій має тенденцію до збільшення внаслідок збільшення виробництва аміаку. Тому не випадково, що занадто лужний рН калу, що супроводжується скороченням коротколанцюгових жирних кислот (див. Бутират), пов'язаний з підвищеним ризиком колоректального раку.

Якщо рН фекалій має тенденцію до збільшення в присутності гнильного дисбіозу, він має тенденцію знижуватися за наявності ферментного дисбіозу, причини якого походження знаходяться в надмірному вживанні вуглеводів або в поганому поглинанні цього (целіакія), Навіть за наявності рясного споживання ліпідів, у вегетаріанських дієтах і тривалому голодуванні рН фекалій стає кислотою.

Щоб уникнути спотворень результатів обстеження, фекалії не повинні бути забруднені сечею і повинні бути швидко охолодженими, щоб запобігти утворенню аміаку сечі і гнильних бактерій у фокальному рН.