PH фекалій зазвичай є нейтральним або слабо лужним (6, 8 - 7, 5). Більш кислотні стільці, фізіологічні тільки у новонароджених, можуть вказувати на кишкові інфекції (Escherichia coli, Rotavirus) або розлади травлення, такі як лактозна або непереносимість жирів (стеаторея від панкреатичної недостатності або жовчного стазу).
Якщо рН фекалій має тенденцію до збільшення в присутності гнильного дисбіозу, він має тенденцію знижуватися за наявності ферментного дисбіозу, причини якого походження знаходяться в надмірному вживанні вуглеводів або в поганому поглинанні цього (целіакія), Навіть за наявності рясного споживання ліпідів, у вегетаріанських дієтах і тривалому голодуванні рН фекалій стає кислотою.
Щоб уникнути спотворень результатів обстеження, фекалії не повинні бути забруднені сечею і повинні бути швидко охолодженими, щоб запобігти утворенню аміаку сечі і гнильних бактерій у фокальному рН.