Патогенез досліджує розвиток захворювання і ланцюг пов'язаних з ним подій, які поступово визначають морфо-функціональні зміни клітин і тканин, що належать до уражених органів. Ці зміни можуть бути викликані хімічними, фізичними або біологічними агентами (вірусами, бактеріями та ін.).
Хоча етіологія визначає причини, патогенез вивчає його наслідки.
Тому при читанні медичних текстів ми можемо зустрітися з ними в таких термінах, як: мікробний патогенез, запальний патогенез, вірусний патогенез, злоякісний патогенез (тенденція захворювання, в основному пухлина, поступово погіршуватися, щоб стати потенційно летальним). Багато захворювань визнають різні причинно-наслідкові чинники (багатофакторна етіологія), а ще більш численні - ті, що характеризуються різними еволюційними механізмами (множинний патогенез).
